Åbo Akademis tyngdpunktsområden inom forskning är:

Minoritetsforskning, med fokus på minoritetskultur och -identitet, två- och flerspråkighet och språkinlärning samt diskriminering, lika rättigheter och demokrati. Även jämställdhet mellan könen är en fråga som hör till profilen.

Teknologier för en hållbar framtid, (tidigare Molekylär process- och materialteknologi) med fokus på användningen av biomassa, i synnerhet träbaserad biomassa, som råämne för nedbrytbara kemikalier och material.

Lösningar för hälsa (i samarbete med Åbo universitet, tidigare Läkemedelsutveckling och diagnostik), med fokus bland annat på biovisualisering, funktionella material, hälsoekonomi, IT för hälsa och riktade terapier.

Havet (i samarbete med Åbo universitet), med fokus på marin- och miljöbiologi, offentligt ledarskap och industriell ekonomi inom Östersjöforskning.

De fyra tyngdpunktsområdena har valts utifrån en strävan efter att vår forskning ska ta sig an frågor och inspirera till handlingar som är viktiga för samhället.