Institutets förvaltning handhas av en ledningsgrupp och en föreståndare som benämns intendent. Ledningsgruppen utses av rektor för en mandattid på tre kalenderår. Ledningsgruppen består av en ordförande och minst fyra och högst sex övriga medlemmar, varav minst en bör representera sakkunniga inom sjöfarten utanför Åbo Akademi. 

Ledningsgrupp 2021–2023

Ordförande

Fredrik Nilsson
Professor, Åbo Akademi 

Viceordförande

Christian Ramberg
EM, förutvarande VD, Åbo hamn Ab

Medlemmar

Niklas Huldén
FD, arkivarie, Åbo Akademi

Anna Meronen
FM, museichef, Rauman merimuseo

Pär-Henrik Sjöström
VD, chefredaktör, Sjöfartstidningen

Tapani Tuovinen
Planerare, docent, Forststyrelsen

Ann-Catrin Östman
Akademilektor, docent, Åbo Akademi

Föredragande

Kasper Westerlund
Intendent och föreståndare, Sjöhistoriska institutet