Institutets förvaltning handhas av en ledningsgrupp och en föreståndare som benämns intendent. Ledningsgruppen utses av rektor för en mandattid på tre kalenderår. Ledningsgruppen består av en ordförande och minst fyra och högst sex övriga medlemmar, varav minst en bör representera sakkunniga inom sjöfarten utanför Åbo Akademi.
Ledningsgrupp 2021–2023
Ordförande
Fredrik Nilsson
Professor, Åbo Akademi
Viceordförande
Christian Ramberg
EM, förutvarande VD, Åbo hamn Ab
Medlemmar
Niklas Huldén
FD, arkivarie, Åbo Akademi
Anna Meronen
FM, museichef, Rauman merimuseo
Pär-Henrik Sjöström
VD, chefredaktör, Sjöfartstidningen
Tapani Tuovinen
Planerare, docent, Forststyrelsen
Ann-Catrin Östman
Akademilektor, docent, Åbo Akademi
Föredragande
Kasper Westerlund
Intendent och föreståndare, Sjöhistoriska institutet