Laitoksen hallinnosta vastaavat johtoryhmä ja esimies, jonka nimike on intendentti. Johtoryhmän nimittää rehtori, ja sen toimiaika on kolme kalenterivuotta. Johtoryhmän muodostavat puheenjohtaja sekä vähintään neljä ja enintään kuusi muuta jäsentä, joista vähintään yhden on oltava Åbo Akademin ulkopuolinen merenkulun asiantuntija.

Johtoryhmä 2021–2023

Puheenjohtaja

Fredrik Nilsson
Professori, Åbo Akademi 

Varapuheenjohtaja

Christian Ramberg
KTM, aiempi tj., Turun satama Oy

Jäsenet

Niklas Huldén
FT, arkistonhoitaja, Åbo Akademi

Anna Meronen
FM, museonjohtaja, Rauman merimuseo

Pär-Henrik Sjöström
Tj., päätoimittaja, Sjöfartstidningen

Tapani Tuovinen
Erityisasiantuntija, dosentti, Metsähallitus

Ann-Catrin Östman
Yliopistonlehtori, dosentti, Åbo Akademi

Esittelijä

Kasper Westerlund
Intendentti, merihistorian laitoksen esimies