Laitoksen hallinnosta vastaavat johtoryhmä ja esimies, jonka nimike on intendentti. Johtoryhmän nimittää rehtori, ja sen toimiaika on kolme kalenterivuotta. Johtoryhmän muodostavat puheenjohtaja sekä vähintään neljä ja enintään kuusi muuta jäsentä, joista vähintään yhden on oltava Åbo Akademin ulkopuolinen merenkulun asiantuntija.
Johtoryhmä 2021–2023
Puheenjohtaja
Fredrik Nilsson
Professori, Åbo Akademi
Varapuheenjohtaja
Christian Ramberg
KTM, aiempi tj., Turun satama Oy
Jäsenet
Niklas Huldén
FT, arkistonhoitaja, Åbo Akademi
Anna Meronen
FM, museonjohtaja, Rauman merimuseo
Pär-Henrik Sjöström
Tj., päätoimittaja, Sjöfartstidningen
Tapani Tuovinen
Erityisasiantuntija, dosentti, Metsähallitus
Ann-Catrin Östman
Yliopistonlehtori, dosentti, Åbo Akademi
Esittelijä
Kasper Westerlund
Intendentti, merihistorian laitoksen esimies