Nationella centret för utbildningsutvädering (NCU) genomförde en auditering av Åbo Akademi 2015/2016. NCU förnyade kvalitetsstämpeln för sex år fr.o.m. 14.3.2016.
Enligt NCU:s rapport om auditeringen av Åbo Akademi 2016 (pdf) uppfyller Åbo Akademis kvalitetssystem de nationella kriterier för kvalitetshantering som fastställts för högskolor. Kvalitetssystemet motsvarar de europeiska principerna för och rekommendationerna om högskolornas kvalitetshantering.
Åbo Akademi finns i det nationella auditeringsregistret och i registret över utvärderade högskolor i Europa.