Stiftelsen för Åbo Akademi har understött spetsforskningsenheter vid Åbo Akademi sedan år 2006. Under perioden 2015-2018 var de interna spetsforskningsenheterna följande:
- BrainTrain: taking the next step – träning för arbetsminnet
- YARG – unga vuxna och religion i ett globalt perspektiv
- Framtida förädling av skogens biomassa
- FUNMAT – funktionella material för att reglera cellen