Saprolegnia hör till gruppen oomyceter och förekommer allmänt i sötvatten. Oomyceter är mycelbildande organismer som liknar svamp, men är närmare släkt med brunalger och kiselalger. Vissa arter av släktet Saprolegnia är parasitiska och förorsakar infektioner i hud och gälar hos fisk. Dödlighet som orsakas av olika Saprolegnia arter har medfört betydande förluster i fiskodlingar i Finland och globalt. Ingen effektiv behandling är tillgänglig för tillfället, vilket gör sjukdomen problematisk.
I en tidigare pilotstudie undersökte vi den potentiella närvaron av olika Saprolegnia arter i finländska fiskodlingar genom att sekvensera ITS-regionen av Saprolegnia DNA och genom genetisk identifikation. Studien visade att en klar majoritet (86%) av de Saprolegnia-arter som infekterar odlad fisk i Finland hör till arten Saprolegnia parasitica.
I det fortsatta projektet kommer vi nu att analysera heterogeniteten hos de S. parasitica isolat som isolerades under pilotstudien. Detta görs för att kunna bestämma om det finns potentiella dominerande genetiska kloner av arten, vilka förorsakar de flesta sjukdomsutbrotten. Denna analys kommer att göras med hjälp av en genetisk analys av flera olika gener, en s.k. Multi Locus Sequence Typing (MLST) metodik. Resultaten kommer därefter att användas för att utveckla en detektionsmetod för att snabbt detektera specifika stammar/kloner av S. parasitica i vattenmiljön, och för att kunna fastställa ett eventuellt samband mellan specifika bakterieinfektioner i huden hos fisk och infektioner med Saprolegnia.
Projektet genomförs vid Laboratoriet för Akvatisk patobiologi
