Merihistorian laitoksen yksi keskeinen tehtäväalue on jo toiminnan alusta, vuodesta 1936, alkaen ollut julkaisutoiminta. Vuodesta 2005 alkaen kaikki julkaisutoiminta on keskitetty Meddelanden från Sjöhistoriska institutet vid Åbo Akademi -pääsarjaan, joka käsittää niin monografioita, antologioita kuin konferenssiraportteja.
Viime vuosina on osa sarjan numeroista julkaistu yhteistyössä eri ruotsalaisten ja ahvenanmaalaisten tahojen kanssa.
Pääsarja
- Meddelanden från Sjöhistoriska institutet vid Åbo Akademi
- Meddelanden från Sjöhistoriska museet vid Åbo Akademi
Vanhemmat sarjat
Julkaisusarjaa Meddelanden från Jungfrusundsprojektet julkaistiin vuosina 1987–2004. Se sisältää etupäässä Pohjoismaiden merihistoriallisen tutkimusryhmän (Nordisk maritimhistorisk forskargrupp, NMF) seminaareissa ja symposiumeissa pidettyjä esitelmiä.
Museoalus Sigynin ja Åbo Akademin merihistoriallisen museon vuosittaisena tiedotuslehtenä julkaistiin Partredaren-sarjaa vuosina 1980–1995. Sarjan julkaiseminen lopetettiin, kun Museoalus Sigynin säätiö otti vuonna 1994 Sigynin vastuulleen. Sigyniä ja merihistoriallista museota koskevien tietojen lisäksi Partredaren sisälsi myös tieteellisiä artikkeleja.
Uudempia julkaisuja voi ostaa Åbo Akademin verkkokaupasta. Vanhempia julkaisuja voi tilata suoraan laitokselta.