Merihistorian laitoksen kirjasto käsittää noin 600 hyllymetriä merihistoriallista ja muuta meriaiheista kirjallisuutta 1600-luvulta näihin päiviin asti. Meiltä löytyy hakuteoksia ja rekistereitä (esim. Suomen kauppalaivasto, Bureau Veritas, Lloyd’s Register of Ships, Norske Veritas ja useita pääosin pohjoismaisia laivarekistereitä), tutkimuskirjallisuutta sekä joukko kotimaisia ja kansainvälisiä merenkulkuaiheisia aikakaus- ja muita julkaisuja.
Kirjasto on jaettu 30:een aiheittaiseen luokkaan. Niihin kuuluvat mm. laivanrakennus, kauppamerenkulku, merisotahistoria, tutkimusmatkat, laivamonografiat ja varustamohistoriat, meriarkeologia, merietnologia, meritaide, navigointi, merioikeus, talvimerenkulku, kalastus, vesiurheilu ja kartografia.
Kirjastossa on myös joukko erikoiskokoelmia. Harvinaisuuksien kokoelmaan kuuluvat ennen vuotta 1850 painetut kirjat, jotka on eroteltu eri luokista ja järjestetty numerus currens -periaatteen mukaan. Erikoiskokoelmiin kuuluu myös kymmeniä laitoksen toimialaan kuuluvia kirjakokoelmia, joita merenkulkijat, tutkijat ja eri laitokset ovat lahjoittaneet. Näistä huomattakoon mm. Christian Ahlströmin, Jarl Gallénin, Björn Landströmin ja Meriupseerikerhon kokoelmat.
Erään ainutlaatuisen kokonaisuuden laitoksen kirjastossa muodostaa Navigationsskolan i Åbon kirjakokoelma. Kokoelma käsittää noin 100 hyllymetriä merenkulkukirjallisuutta, ja se ilmentää konkreettisella tavalla sitä, mitä vuodesta 1813 lähtien on nähty tärkeänä merenkulun ja merenkulkukoulutuksen alalla.
Kaikki kirjat on luetteloitu Åbo Akademin Alma -kirjastotietokantaan. Meiltä lainaaminen edellyttää asiakkaaksi rekisteröitymistä Åbo Akademin kirjastoon. Kirjallisuutta voi myös lukea meillä, laitoksen lukusalissa. Erikoiskokoelmien kirjoja annetaan ainoastaan lukusalilainaan.