27.5.2022

Tohtorinväitös tietokäsittelytieteen alalta

MSc Victor-Bogdan Popescun väitöskirja tietokäsittelytieteen alalta esitetään julkisesti tarkastettavaksi Åbo Akademin luonnontieteiden ja tekniikan tiedekunnassa. 

Väitöskirjan otsikkona on Computational Network Analytics for Applications in Biomedicine.  

Väitöstilaisuus järjestetään perjantaina 3. kesäkuuta 2022 klo 13 osoitteessa auditorio XXII, Agora, Vesilinnantie 3, Turku. Vastaväittäjänä toimii professori Andre Sanches Ribeiro, Tampereen yliopisto ja kustoksena professori Jan Westerholm, Åbo Akademi. 

Yhteenveto

Väitöskirjassa keskitytään kehittämään puitteet rakenteellisen hallittavuuden soveltamiselle biolääketieteessä. Työ käsittelee uusien lääkkeiden tunnistamiseen ja lääkeyhdistelmäehdotuksiin, käyttötarkoituksen laajentamisen alle sopivien lääke-ehdokkaiden sekä hoitoreitteihin liittyvää teoriaa, dataa, algoritmeja ja niiden implementointia, jotta niitä voitaisiin soveltaa personoidulla laskennallisella lähestymistavalla terapiassa. 

Verkostolääketiede on tutkimusala, joka on noussut esille hiljattain. Se keskittyy analysoimaan monimutkaisia biologisia järjestelmiä mallintavia verkostoja mahdollistaakseen paremman ymmärryksen sairauksista ja niiden hoidosta. Verkostolääketiede pohjautuu graafiteoriaan ja tarjoaa verkostokeskeisen lähestymistavan, jonka avulla voidaan tunnistaa näiden järjestelmien mahdolliset kiinnostuksen kohteet. Tässä yhteydessä sairauksia voidaan pitää systeemisinä häiriöinä, kun taas lääkehoidot edustavat ulkoisia toimenpiteitä, joilla pyritään lievittämään sairauden vaikutuksia. 

Väitöskirjan ensimmäisessä osassa keskitytään verkoston hallittavuuteen, joka liittyy kykyyn ohjata se haluttuun tilaan minimaalisten ulkoisten interventioiden avulla tunnistamalla sen sisällä olevat haettavat solmut. Todistamme, että ongelmaa on vaikea approksimoida, ja esittelemme useita algoritmeja, joiden tarkoituksena on ratkaista se. Tutkielman toisessa osassa keskitytään rakenteellisen hallittavuuden lähestymistapojen soveltuvuuteen biolääketieteessä. Luomme personoituja proteiini-proteiini-interaktioverkostoja tavoiteltavien sairaus-, potilas- tai lääkekohtaisten proteiinien ympärille, analysoimme niitä ja tarjoamme mahdollisia tulkintoja tuloksista. Sovellamme tätä pohjaa tunnistamaan ja ehdottamaan mahdolliset lääkkeiden käyttötarkoitusten muuttamiset COVID-19 -tautia sekä rinta-, munasarja- ja haimasyöpää vastaan. Sovellamme sitä myös ehdottamaan henkilökohtaista hoitoa kolmelle multippeli myeloomaa sairastavalle potilaalle. Lisäksi esittelemme uuden, ilmaisen web-pohjaisen alustan, jossa on avoin lähdekoodi. Alusta mahdollistaa myös räätälöityjen proteiini-proteiini-interaktioverkostojen luomisen ja niiden rakenteellisen hallittavuuden analysoinnin. 

Victor-Bogdan Popescu on syntynyt 1992 Târgoviștessa, Romaniassa. Hän on tavoitettavissa puhelimitse numerosta 040 575 9908 ja sähköpostitse osoitteesta victor-bogdan.popescu@abo.fi. 

Väitöskirja on luettavissa Åbo Akademin julkaisuarkistossa Doriassa. 

Tästä linkistä voit ladata lehdistökuvan väittelijästä.