Merihistorian laitoksen ainutlaatuinen arkisto on tulos jo 1930-luvulla alkaneesta ja tauotta jatkuneesta keräystyöstä. Keräystoiminnassa on heti alusta asti keskitytty suomalaisen merenkulkuelinkeinon historiaan sekä rannikko- ja saaristoasukkaiden elinkeinoihin. Arkisto käsittää noin 900 hyllymetriä asiakirjoja, jotka koskevat pääasiassa kauppamerenkulkua, kalastusta, vene- ja laivanrakennusta, merivakuutusta ja vesiurheilua.
Kokoelmat muodostuvat henkilö-, varustamo- ja yritysarkistoista. Arkistoasiakirjat sisältävät muun muassa laivapäiväkirjoja, laiva-asiakirjoja, piirustuksia, merikarttoja, kirjeenvaihtoa, valokuvia, taidetta ja ääninauhoja.
Laitoksen arkisto on muodostunut pääosin lahjoitusten kautta, mutta myös omalla keräystoiminnalla, ennen kaikkea perinnemateriaalin keruulla.
Laivapäiväkirjojen (arkikielessä lokikirjojen) kokoelmamme on ainutlaatuinen. Se käsittää yli 4 600 päiväkirjaa vuosilta 1758–2012.
Meillä voi tutustua muun muassa seuraaviin järjestettyihin ja luetteloituihin varustamo- ja yritysarkistoihin (suluissa laajuus hyllymetreissä):
- Höyrylaiva Oy Bore (100 hm)
- Merimiesten Keskinäinen tapaturmavakuutusyhtiö (4 hm)
- Meritoimi Oy (11 hm)
- Oy Ridal Ab (5 hm)
- Soini-varustamot (3,5 hm)
- Suomen Höyrylaivaosakeyhtiö, SHO (150 hm)
- Suomen merivakuutusyhdistys (55 hm)
- Suomen toinen merivakuutusyhdistys (10 hm)
- Åbo Shipping Ab (2 hm)
- Ångbåts Ab Åland (12 hm)
- Ångbåts Aktiebolaget Södra Nagu (6,2 hm)
Merikarttakokoelmamme sisältää merikarttoja sekä muita karttoja ja kartastoja kaikkialta maailmasta 1500-luvulta aina tähän päivään.
Valokuvakokoelmamme koostuu noin 100 000:sta saaristo-, laiva-, vene-, henkilö- ja satamakuvasta.
Lisäksi arkistossamme on runsaasti vene- ja laivapiirustuksia monilta eri suunnittelijoilta ja telakoilta. Suunnittelijoista mainittakoon mm. Birger Slotte ja Hans Groop, telakoista esimerkiksi tunnettu Turun veneveistämö (Åbo Båtvarf).